Jean-Philippe Baille commence sa carrière dans les locales de Radio France.
Il intègre RTL en juin 1997 et, de 1997 à 2007, il est correspondant à Lyon où il devient grand reporter puis chef du bureau régional avec notamment la charge des décrochages régionaux. Nommé rédacteur en chef adjoint en 2007 à la rédaction parisienne de la station, il est successivement rédacteur en chef, directeur adjoint de la rédaction puis, en 2014, directeur de la rédaction de RTL.
En décembre 2018, il rejoint franceinfo en tant directeur de la rédaction et assure à ce titre, la construction de la ligne éditoriale de la chaîne et œuvre au développement de l'offre d'information du média global.
Jean-Philippe Baille a pris ses fonctions de directeur de franceinfo depuis le 1er janvier 2021.
